Ich hatten den selben Fehler (VIN Mismatch) bei meinem WH, nach Tiefentladung der Batterie. Sollte auch nicht passieren, war aber so. Airbag Lampe und ESP/ABS Lampe leuchteten, obwohl zumindest das ABS dennoch funktionierte. Gemäß Service Manual muss in diesem Fall die PCM neu programmiert werden. FCA konnte (wollte?) das nicht machen, weil nach ihren Aussagen, zumindest beim Diesel ,nur eine neuere als die vorhanden Software aufgespielt werden kann. Da aber schon die neueste Software auf meinem Motorsteuergerät drauf war, wollten sie mir ein neues verkaufen. (€1.500.- + Programmierung). Das habe ich abgelehnt und schließlich einen Chip Tuner gefunden, der den eigentlichen Fehler gefunden und beseitigt hat. Es war ein Bit "gekippt", das verhinderte, dass die VIN auf den CAN-Bus gesendet wurde.
Ich würde es trotzdem bei Jeep reklamieren, du must ja nicht sagen dass du mit JSCAN gearbeitet hast.